Buttisholz verfügt über eine flächendeckende, leistungsfähige und zuverlässige Entwässerungsinfrastruktur. Wie im Gewässerschutzgesetz vorgesehen verfügt Buttisholz über einen Generellen Entwässerungsplan (GEP).  Heute ist der GEP das zentrale Planungsinstrument der Siedlungsentwässerung, welches einerseits den Erhalt der Entwässerungsinfrastruktur und andererseits einen effizienten Gewässerschutz sicherstellt. Für den Bau und den Unterhalt der öffentlichen Schmutz- und Reinabwasseranlagen ist die Gemeinde zuständig. Das Siedlungsentwässerungsreglement und die entsprechende Verordnung regeln die Details.

Das Schmutzwasser wird von der ARA Oberes Wiggertal gereinigt.